Para a execução dos programas, deve-se usar a seguinte linha de comando:
main.exe arquivo de entrada [n^o de vértices]onde arquivo de entrada é o arquivo de entrada (cujo formato é descrito na Seção 2.1.2) e n^o de vértices (opcional) é o número de vértices. Se for omitido, o programa analisa o arquivo de entrada para obter este número. Pode-se indicar uma dimensão menor do que a descrita no arquivo; neste caso, ele considera somente a sub-matriz com a dimensão especificada.