CAPRI

Estudos que envolvem estrutura de proteínas lidam na maioria das vezes com uma grande quantidade de informação. Para compreender melhor o processo de interações proteína-proteína é necessário estudar os fenômenos que ocorrem em suas interfaces moleculares. Interações podem ser observadas do ponto de vista de resíduos, porém sabe-se que elas ocorrem na realidade em nível atômico. Vários paradigmas propõem formas distintas para definir interações atômicas e sabe-se que é necessário comparar estes paradigmas para melhorar nossa compreensão sobre interações moleculares, permitindo abranger nosso conhecimento sobre os vários mecanismo e funções celulares.

Com isso, propomos aqui o banco de dados CAPRI, para análise comparativa entre três paradigmas distintos que são usados para definir contatos em interface proteína-proteína. O CAPRI possui informações de cerca de 45 mil complexos proteicos, contendo dados quanto as interações realizadas entre pares de átomos, resíduos e cadeias. Ao todo, quatro tipos de interações são investigadas, sendo elas: pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas, pontes salinas e empilhamento aromático.