Algoritmo de Needleman-Wunsch

O algoritmo Needleman-Wunsch foi proposto por Saul Needleman e Christian Wunsch na década de 1970. Trata-se de um algoritmo para alinhamento global par-a-par de sequências. Isso significa que ele alinha pares de sequências em todo o seu comprimento. É importante ainda destacar que ele é ótimo, ou seja, retorna o alinhamento de maior pontuação de acordo com o esquema de pontuação utilizado.

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Por que estudar Bioinformática?
5 bons motivos

Quer saber por que vale a pena se dedicar a estudar / aprender BIOINFORMÁTICA? Nesse vídeo, te conto como eu decidi estudar esse assunto há mais de 15 anos atrás e te dou boas razões pelas quais hoje a área é ainda mais promissora que naquela época.

Código de 1 letra dos aminoácidos
Você sabe como surgiu?
Como memorizar?

As proteínas são cadeias polipeptídicas formadas pela ligação peptídica entre resíduos de aminoácidos. Existem 20 tipos de aminoácidos comumente encontrados nos seres vivos. A esses aminoácidos, foram atribuídas abreviações de 3 letras e símbolos de 1 letra. As abreviações de 3 letras são bastante evidentes consistindo nas três primeiras letras do se nome. Saiba mais sobre o código de 1 letra nesse vídeo.

Participação das mulheres na ciência e tecnologia
Dicas de livros para as crianças e jovens

Nesse vídeo discutimos a queda da participação feminina dos cursos de ciência e tecnologia. Em particular, citamos alguns dos achados de artigos da Profa. Márcia Barbosa (UFRGS) sobre essa queda da participação das mulheres especialmente nos níveis mais altos da carreira acadêmica.

Damos algumas dicas de como atrair as meninas e jovens para as áreas de ciência e tecnologia. Em particular mostramos exemplos de bonecas e livros muito interessantes para incentivar a nova geração a se encantar por carreiras em ciência e tecnologia. Menciono brevemente um projeto de extensão universitária do qual faço parte (BitGirls) e que visa atrair e apoiar as mulheres na Computação.

BLOSUM - Blocks of Amino Acids Substitution Matrix

BLOSUM (do inglês Blocks of Amino Acid Substitution Matrix) é uma matriz de substituição baseada em blocos de sequências de aminoácidos, criada pelo casal Henikoff em 1992.

Sua construção baseia-se em blocos de trechos de sequências alinhados e conservados em sequências de proteínas. Ajudam a evidenciar relacionamentos mais distantes entre sequências, particularmente a conservação de domínios.

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Programação dinâmica

Programação dinâmica é um paradigma de projeto de algoritmos. Nesse vídeo, explicamos o que é programação dinâmica, que tipo de problema pode ser resolvido com esse paradigma e sua utilidade em Bioinformática, mais particularmente no alinhamento de sequências, objeto de estudo dessa série de vídeos.

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PAM - Point Accepted Mutation

PAM (do inglês Point Accepted Mutation) é uma matriz de pontuação criada por Margaret Dayhoff em 1978.

Trata-se de uma família de matrizes que têm sido utilizadas para pontuação do alinhamento de sequências de proteínas em diferentes graus de divergência. A divergência é medida em termos de mutações pontuais aceitas (Point Accepted Mutations).

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Margaret Dayhoff

A cientista Margaret Dayhoff é considerada a mãe da Bioinformática. Ela nasceu nos Estados Unidos em 1925, graduou-se em matemática, obteve ser doutorado em Química Quântica e foi a inventora de importantes conceitos para o surgimento da Bioinformática e que são muito utilizados na atualidade. Quando os computadores ainda usavam cartões perfurados, desenvolveu programas para calcular a energia de moléculas orgânicas. Quer saber mais sobre as contribuições dessa cientista para a Bioinformática? Assista esse vídeo!

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Nova série sobre
Alinhamento de sequências

Esse vídeo introduz nossa nova série sobre Alinhamento de Sequências. Falamos sobre o que é o problema do alinhamento de sequências, algumas de suas principais aplicações e dos principais tipos de alinhamento que existem: par-a-par e múltiplo, local e global e suas principais diferenças.

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