alignAllCommPoc.pl --> script que fará o alinhamento entre os pdbs id
2YPIA.chain --> arquivo pdb que será o template onde todas serão alinhadas contra elas
sequence --> contem as posições na proteina template que devem ser alinhadas
infile_list_tim --> lista com todos os arquivos pdbs que serão alinhados

perl alignAllCommPoc.pl 2YPIA.chain sequence infile_list_tim
